Juan de Herrera, continúa con El Escorial tras la muerte de Juan Bautista de Toledo en 1567. Había estado también en Italia, pero no con carácter permanente. Era más netamente español y su intervención en los trabajos de El Escorial fue decisiva. La fachada es un inmenso muro de granito, sin adornos; termina con dos torres en los extremos, pero sin avanzar del paño del muro, para que no produzcan efecto de cuerpos salientes. Las ventanas, talladas geométricamente, sin molduras ni cornisas, se suceden en línea interminable; sólo en el centro del muro, para que la austeridad no resulte pobreza, se decora la entrada con ocho pilastras dó ricas, que sostienen un pequeño cuerpo central, más alto, con cuatro pilastras menores y un frontón. Pasada la primera crujía, un patio forma como el vestíbulo o atrio de la iglesia. Aquí, el ambiente más reducido exige otro estilo; la severidad, que en la fachada exterior se compensa por su masa, en el patio sería mezquina. Herrera tuvo que aplicar sus conocimientos del clásico grecorromano en la fachada de la iglesia, sin salirse del dórico, encuadrando su silueta sólo con molduras y ventanas. Seis figuras, de seis de los reyes de Judea, sobre altos pedestales encima del entablamento del primer piso son las únicas escUlturas. En el interior de la iglesia continúa sin vacilaciones el mismo orden dórico; unas pilastras gigantescas llegan hasta el arranque de las bóvedas. Nada de estuco ni de revestimiento de mármol, todo el despiezo de granito, que, visible con regularidad geométrica, acaba de dar a la iglesia el aspecto solemne de un panteón. Aquel interior con sus altas pilastras dóricas y anchos arquitrabes con triglifos solamente, por sus acertadas proporciones es muy digno de contarse entre las más importantes obras de arquitectura del Renacimiento. Bramante no habría podido hacer nada más noble. En las dependencias interiores, ya no es Herrera tan original. El patio llamado de los Cuatro Evangelistas -un claustro que quiere ser amable- resulta triste a pesar de sus estanques y de sus verdes jardines recortados; la arquitectura del claustro, y hasta la del templete que ocupa su parte central, son de un grecorromano acertado a medias solamente.
Herrera ejerció, durante el reinado de Felipe II, una especie de dictadura artística, como inspector áulico de monumentos, cargo análogo al que ejercía Enrique Egas en tiempo de los Reyes Católicos. Herrera, que había militado en los tercios de Italia, impuso una organización casi militar en los trabajos de El Escorial; sus cartas y escritos son siempre lacónicos y precisos. Visitaba a Felipe II dos veces por semana, y el monarca dictó una orden por la cual Herrera debía revisar y aprobar los planos de todos los edificios públicos que se construían en España.